У Вас всегда так было или недавно началось? Если недавно, какие-то манипуляции проводили в последнее время?
По поводу подскакивания латенси не скажу, по-моему сначала стоит разобраться с "отваливаниями" хранилки (у самого довольно негативный опыт с ds 3524), я бы сначала посмотрел в сторону fc свичей (не brocade случаем?), обратите внимание на количество потерянных слов на портах через которые подключено хранилище, если цифры большие (тысячи, десятки тысяч и больше) - стоит задуматься о прошивке свича и отмониторить этот параметр еще раз - не помогло, лучше завести кейс у вендора, также при работе с DS`ами нужно выставлять определенные fill word на портах свича (для ds35xx например это 3), для каждой хранилки этот параметр записан в документации, в сторону hba хостов смотреть наверное не стоит, учитывая что такая ситуация справедлива для всех хостов, а не для 1го.